BPJS Kesehatan menanggung biaya pengobatan untuk berbagai jenis penyakit, termasuk penyakit kronis dan penyakit katastropik. Biaya pengobatan penyakit-penyakit tersebut cenderung tinggi, sehingga mempengaruhi besarnya biaya yang dibutuhkan untuk menyelenggarakan program BPJS Kesehatan.
BPJS Kesehatan bekerja sama dengan berbagai fasilitas kesehatan, mulai dari puskesmas hingga rumah sakit spesialis. Semakin banyak fasilitas kesehatan yang bekerja sama, semakin luas jangkauan layanan BPJS Kesehatan. Namun, perlu dipertimbangkan bahwa kerja sama dengan fasilitas kesehatan juga mempengaruhi biaya yang dibutuhkan untuk menyelenggarakan program BPJS Kesehatan.
BPJS Kesehatan menggunakan sistem kapitasi dalam membayar fasilitas kesehatan. Sistem kapitasi mengharuskan BPJS Kesehatan membayar sejumlah biaya tertentu kepada fasilitas kesehatan setiap bulannya, terlepas dari jumlah pasien yang dilayani. Sistem ini memberikan kepastian pendapatan bagi fasilitas kesehatan, namun juga mempengaruhi besarnya biaya yang dibutuhkan untuk menyelenggarakan program BPJS Kesehatan.
