Alpukat mengandung lemak tak jenuh tunggal dan tak jenuh ganda yang tinggi, yang dapat membantu mengurangi peradangan di saluran pencernaan. Peradangan kronis dapat menyebabkan masalah pencernaan, seperti sindrom iritasi usus besar (IBS) dan penyakit radang usus (IBD).
Alpukat mengandung prebiotik, yaitu jenis serat yang tidak dapat dicerna oleh tubuh manusia. Prebiotik berfungsi sebagai makanan bagi bakteri baik di usus. Bakteri baik ini membantu menjaga kesehatan saluran pencernaan dan melindungi dari infeksi.
Alpukat mengandung enzim pencernaan yang disebut lipase. Lipase membantu memecah lemak dalam makanan, sehingga lebih mudah dicerna. Hal ini dapat bermanfaat bagi orang yang mengalami masalah pencernaan berlemak.